بنا به حکم ماده(۵۲) قانون برنامه پنجساله پنجم توسعه جمهوری اسلامی ایران، مالیات بر درآمد حقوق کارکنان وزارتخانه ها و مؤسسات و سایر دستگاههای دولتی موضوع مواد(۱) و (۲) و قسمت اخیر ماده(۵) قانون مدیریت خدمات کشوری و نیز سایر دستگاههای اجرایی موضوع ماده(۵) قانون مدیریت خدمات کشوری و ماده(۵) قانون محاسبات عمومی کشور و در صورت اجرای فصل دهم قانون مدیریت خدمات کشوری و اصلاحات و الحاقات بعدی آن، قضاوت، اعضای هیأت علمی دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و تحقیقاتی پس از کسر معافیت مالیاتی موضوع مواد(۸۴)و (۸۵) اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم مصوب ۲۷/۱۱/۱۳۸۰ و سایر معافیتهای مقرر قانونی به نرخ مقطوع ده درصد(۱۰%) به شرح جدول پیوست شماره(۱) و در مورد سایر حقوق بگیران پس از کسر معافیتهای مزبور تا چهل و دو میلیون(۴۲،۰۰۰،۰۰۰)ریال به نرخ ده درصد(۱۰%) و نسبت به مازاد آن به نرخ های مقرر در ماده(۱۳۱) قانون مالیاتهای مستقیم مشمول مالیات بر درآمد حقوق به شرح جدول پیوست(شماره ۲) خواهد بود.

ضمناً طبق بند(۴۹) قانون بودجه سال ۱۳۹۲ کل کشور سقف معافیت مالیاتی موضوع ماده(۵۲)قانون برنامه پنجساله پنجم توسعه جمهوری اسلامی ایران برای سال ۱۳۹۲ مبلغ یکصد میلیون(۱۰۰،۰۰۰،۰۰۰) ریال در سال تعیین گردیده است.

لازم به ذکر است بر اساس جزء ۳ بند(۲۷) قانون بودجه سال ۱۳۹۲ کل کشور،مالیات حقوق کلیه کارکنان شرکت های واگذار شده(سهام کنترلی) در طول سال واگذاری، بر اساس نرخ مالیاتی قبل از واگذاری محاسبه و پرداخت می شود.

با توجه به بخشنامه شماره ۹۴۲/۲۰۰ مورخ ۲۸/۱/۱۳۹۲مبنی بر کسر و ایصال مالیات حقوق سه ماهه اول سال ۱۳۹۲ با اعمال معافیت مالیاتی سال ۱۳۹۱ به صورت علی الحساب، تعدیلات مالیات سه ماهه مذکور در ماههای بعد قابل اعمال خواهد بود.به عنوان مثال نحوه محاسبه مالیات حقوق بگیر فرضی در سه ماهه اول سال ۱۳۹۲ به شرح ذیل می باشد: